如下面流程图所示, GP-TCM运用十个课题组之间的互动，来审查当前中草药质量控制、成分提取与分析的状况，找出其中难题和提出解决方案。除了注意这些基本问题之外，本协调项目的核心将通过多种论坛来强调如何结合功能基因组学和细胞模型、动物模型以及临床实验来探讨中草药、针灸的安全性、有效性和机制。该十个课题组为：
*第一课题组－中草药质量控制（英国皇家植物园（邱园）领导）
*第二课题组－中草药成分的提取与分析（德国杜塞尔多夫Heinrich-Heine大学领导）
*第三课题组－中草药安全性研究以及功能基因组学的应用（中国医学科学院药用植物研究所领导）
*第四课题组－中草药的体外功能基因组学研究（英国伦敦大学国王学院领导）
*第五课题组－中草药的体内功能基因组学研究（西班牙亚卡拉大学领导）
*第六课题组－中草药临床研究以及功能基因组学的应用（英国华威大学领导）
*第七课题组－中草药研发以及功能基因组学的应用（英国剑桥大学领导）
*第八课题组－针灸和经络研究以及功能基因组学的应用（中国首都医科大学领导）
*第九课题组－最后会议（荷兰莱顿大学领导）
*第十课题组－通过协作组的管理推动中医药研究在欧盟的可持续协调发展（英国伦敦大学国王学院领导）
所有课题组都有欧盟和非欧盟国家科学家的参与（特别是中方合作伙伴）。这将大大促进信息与经验的交流，并促进欧盟专家与非欧盟国家(包括中国内地和香港)伙伴的新合作。
“后基因组时代传统中医药研究的良好实践” 协作组：各课题组之间的相互关系
