如下面流程圖所示, GP-TCM運用十個課題組之間的互動，來審查當前中草藥質量控制、成分提取與分析的狀況，找出其中難題和提出解決方案。除了注意這些基本問題之外，本協調項目的核心將通過多種論壇來強調如何結合功能基因組學和細胞模型、動物模型以及臨床實驗來探討中草藥、針灸的安全性、有效性和機制。該十個課題組為：
*第一課題組－中草藥質量控制（英國皇家植物園（邱園）領導）
*第二課題組－中草藥成分的提取與分析（德國杜塞爾多夫Heinrich-Heine大學領導）
*第三課題組－中草藥安全性研究以及功能基因組學的應用（中國醫學科學院藥用植物研究所領導）
*第四課題組－中草藥的體外功能基因組學研究（英國倫敦大學國王學院領導）
*第五課題組－中草藥的體內功能基因組學研究（西班牙亞卡拉大學領導）
*第六課題組－中草藥臨床研究以及功能基因組學的應用（英國華威大學領導）
*第七課題組－中草藥研發以及功能基因組學的應用（英國劍橋大學領導）
*第八課題組－針灸和經絡研究以及功能基因組學的應用（中國首都醫科大學領導）
*第九課題組－最後會議（荷蘭萊頓大學領導）
*第十課題組－通過協作組的管理推動中醫藥研究在歐盟的可持續協調發展（英國倫敦大學國王學院領導）
所有課題組都有歐盟和非歐盟國家科學家的參與（特別是中方合作夥伴）。這將大大促進信息與經驗的交流，並促進歐盟專家與非歐盟國家(包括中國內地和香港)夥伴的新合作。
「後基因組時代傳統中醫藥研究的良好實踐」 協作組：各課題組之間的相互關係
